Музей основан 8 (21) февраля 1914 года при штабе Отдельного корпуса пограничной стражи в Санкт-Петербурге. С 20 декабря 1932 года музей воссоздан в Москве.
В экспозиции музея освещена история формирования территории и границ России, отражена эволюция концепции охраны границ Российского государства со дней его образования до дней сегодняшних.
Музей уникален своей работой и экспозицией. В нём ярко показано, что граница сегодня, как и встарь, не просто линия, где воины в зеленых фуражках героически выполняют свой воинский долг, а рубеж, с которого начинается Российское государство